Manastirski kompleks sastoji se od četiri crkve: crkva Svetih Apostola, crkva Sv. Dimitrija, Crkva Svete Bogorodice Odigitrije (putevoditeljice) kao i crkva Svetog Nikole. Manastir je podignut u 13.veku, ali tačna godina postanka nije poznata. Pretpostavlja se da je na mestu današnjeg manastira postojao metoh manastira Žiče, tadašnjeg sedišta srpske arhiepiskopije, i baš na njemu je arhiepiskop Arsenije I (naslednik Svetog Save) podigao crkvu svetih Apostola, pored Peći, geografskom centru tadašnje srpske države.
Najstarija, Crkva svetih Apostola živopisana je 1250. godine, i predstavlja jedinstvenu sponu između raškog i srpsko-vizantijskog stila gradnje, sa spoljne strane omalterisana i obojena tamo-crvenom bojom poput manastira Žiča. Freske potiču iz različitih perioda i celokupna istorija srednjevekovnog zidnog slikarstva nalazi se na zidovima Pećkih svetinja. Crkvu Svetih Apostola krase monumentalne freske koje spadaju u najznačajnija ostvarenja srpskog slikarstva 13. veka. Najznačajnije i umetnički najvrednije predstavljaju scene iz Hristovog života, naslikane ispod kupole. U hramu se nalazi i sarkofag gde je nekad počivao sveti Arsenije, kao i sarkofag gde su počivale mošti Joanikija II, prvog srpskog patrijarha, a takodje posebno mesto zauzima i grobno mesto arhiepiskopa Save II.
Crkva Svetog Dimitrija je izgradjena u periodu od 1317. do 1324., a podigao ju je arhiepiskop Nikodim. Mala po veličini, crkva Svetog Dimitrija ima formu skraćenog upisanog krsta sa prostranom kupolom a tek 1345. godine crkva je dobila fresko dekoraciju ktitorstvom arhiepiskopa Joanikija II. Freske Crkve Svetog Dimitrija obuhvataju dragocene portrete Svetog Save, Cara Dušana, njegovog sina Uroša V, patrijarha Joanikija, kao i vredne kompozicije dva srpska Sabora na zapadnom delu svoda, kao i redak ciklus scena iz života i stradanja svetog Dimitrija Solunskog, patrona hrama.
Crkva Svete Bogorodice Odigitrije je sagrađena 1330.godine pored južnog dela crkve Svetih Apostola, a podigao je Sveti Danilo II, koji je bio veliki duhovnik, neimar, diplomata, biograf i pesnik. Sagradjena je u formi razvijenog upisanog krsta sa osmougaonom kupolom, poduprta sa četiri slobodno noseća stuba. Od fresaka najveću pažnju istrazivača privlači Bogorodica Mlekopitateljica, naslikana na južnom zidu priprate, kako sedi na prestolu, držeci u narucju malog Hrista koga doji, a sa leve i desne strane su naslikani andjeli kojoj Bogorodici ukazuju poštovanje.
Crkva Svetog Nikole je manjih dimenzija od ostalih crkava, podignuta takođe pod arhiepiskopom Danilom II i predstavlja jednobrodnu crkva sa trojnim svodom, sagrađena od opeka i cigala. Originalne freskve crkve Svetog Nikole nisu sačuvane, tako da je ponovno oslikavanje sprovedeno 1673. godine pod patrijarhom Makarijem. Na severnom zidu postoje portreti srpskih svetaca Simeona(Stefana Nemanje) i Svetog Save, kao i arhiepiskopa Arsenija I i Danila I. Ispred tri glavne crkve arhiepiskop Danilo je podigao monumentalnu pripratu koja nije sačuvana u originalu, ali se na njoj i dalje nalaze najlepše i najpoznatije freske Pećke Patrijaršije.
Posle dolaska Turaka na Balkan, manastirski kompleks je više puta bio ozbiljno oštećen, te je i obnavljan i oslikavan, da bi ponovo zadobio svoju prvobitnu duhovnu i političku ulogu. Kada se desila velika seoba srba 1690.godine patrijarh Arsenije III Čarnojević morao je da napusti Pećku Patrijaršiju pred najezdom Turaka sklonivši se sa oko 30.000 srpskih izbeglica u Budim i Sant-Andreju. Turci i Albanci su poharali i oskrnavili crkve Pećke Patrijaršije, kao i mnoga druga srpska svetilišta. Još jedna seoba 1739. godine, pod patrijarhom Arsenijem IV Šakabendom, dovela je do napuštanja manastira, kada je patrijarh uspeo da dragocenosti ponese sa sobom i skloni u Sremske Karlovce. Usled ovih migracija, srpsko stanovništvo na Kosovu krajem 18. veka postaje manjinsko.
https://www.youtube.com/watch?v=iGtXQxP7p-g
Posle I svetskog rata, kada je došlo do ujedinjenja srpske crkve, 1924.godine u Pećkoj Patrijaršiji ustoličen patrijarh Dimitrije, prvi put pose 1766. godine, i od tada se svi srpski patrijarsi biraju ovde uz posebnu svečanost i počasti. Riznica Pećke Patrijaršije, i pored gubitaka dragocene imovine tokom vekova, predstavlja jedno od najvećih blaga srpske srednjevokovne države. Sačuvana je prvobitna krstionica, kao i mermenri presto na kome su nekada sedeli Sveti Sava i drugi velikodostojnici za vreme Sabora, zatim zvono iz 1432. godine poznato pod imenom njegovog livca Rodopa, a sačuvana je i najstarija knjiga na ćirilici na čitavom Balkanu – “Oktoih Petoglasnika”, veličanstveni primerak ručno pisane knjige, štampane na Cetinju početkom 1494. godine.
Danas manastir čini sestrinstvo od 24 monahinje, koje žive u svakodnevnoj borbi za očuvanje ovog svetog mesta koji nakon rata 1998.-1999. na Kosovu i Metohiji je postao značajan centar Srba koji su ostali da žive u ovom kraju. Od 2006. godine je Pećka Patrijaršija deo UNESCO svetske kulturne baštine od izuzetne vrednosti , a 2008. godine tokom rekonstrukcije crkva je obojena u tamno crvenu boju, kakva je bila i u vreme gradnje.
